L'hygiène apparaît comme une évidence aujourd'hui dans les pays occidentaux mais n'a pourtant pas toujours été acquise. En 1752, alors que les épidémies étaient terriblement meurtrières en Europe, John Pringle, responsable d'un hôpital militaire, étudie le typhus et la dysenterie. A la suite de ses recherches, il affirme que le lavage ou la destruction des vêtements infectés des malades est nécessaire. Plus tard, en 1903, C. Nicolle, travaillant à l'hôpital indigène de Tunis, remarque que c'est au moment d'être admis à l'hôpital que le malade transmet sa maladie au personnel d'accueil, et que en revanche une fois dévêtu , lavé et rasé, il ne contamine ni le personnel médical ni ses voisins de salle commune. Il en conclut que le déshabillage et la toilette ont débarrassé le malade de ce qui était responsable de la transmission de la maladie, et suppose qu'il s'agit d'un poux. Une fois l'hypothèse confirmée, des mesures sont mises en place pour éviter la propagation des épidémies. Séances d'épouillage, désinfection des locaux, rasage et douches périodiques pour les malades, amélioration de l'hygiène générale.

 Des mesures de préventions sont prises pour éviter la transmission des maladies. La vaccination compte parmi les plus efficaces. Pour ce qui est du traitement du choléra, dès le milieu du XIX^ème siècle des recherches sont entreprises pour identifier le germe de la maladie. A partir de 1883, les premières cultures de Vibrio cholerae sont réalisées, un vaccin est mis au point. Il faut cependant attendre une époque récente pour que les règles d'hygiène corporelle et alimentaires (faire bouillir l'eau de boisson, cuire les légumes, se laver soigneusement les mains...) soient respectées afin d'éviter la contagion.

Pour ce qui est d'Ebola, l’essai de traitement avec le favipiravir (normalement utilisé contre la grippe), mené par l’Institut national de la santé et de la recherche médicale indique que cet antiviral réduit la mortalité de moitié chez les adultes et adolescents présentant un faible taux de multiplication du virus, et accélère leur guérison.

Aujourd'hui dans les pays développés, tout est fait pour écarter les risques de transmission de la maladie, les malades sont placés dans une quarantaine des plus strictes. Le Ministère français de la Santé le prouve à travers ses textes  : « Un cas « confirmé » est mis en isolement dans une unité hospitalière spécialisée […]. Un personnel soignant formé et protégé par des tenues étanches lui et dédié […]. Le malade bénéficie ensuite des soins et des traitements disponibles et adaptés à sa situation individuelle. ». Mais il apparaît comme évident que dans les pays les moins développés et donc les plus pauvres, vivant dans une hygiène précaire ne peuvent pas mettre en place de telles dispositions parce qu'elles sont trop onéreuses, et impossibles à appliquer lorsque le médecins manquent et que les victimes sont trop nombreuses.

Désormais les gouvernements sont conscients que les risques liés aux déplacements des malades ne sont pas négligeables et que toute la prévention repose sur la concentration des victimes dans leur région d'origine pour éviter une propagation de la maladie. C'est pourquoi lorsque une épidémie s'annonce dans une région du monde, le dispositifs de prévention du développement de la maladie sont mis en place. De nos jours, toutes les régions du monde sont reliées entre-elles par voie maritime, routière ou aérienne, il s'en faut donc de peu pour que l' épidémie s'étende au reste du monde. Les vols en provenance de régions touchées sont contrôlés, les passagers subissent des examens.

En l'inexistence de vaccin, le seul moyen de prévention consiste à respecter les mesures de protection à prendre individuellement (se laver fréquemment les mains avec du savon ou une lotion alcoolisée, éviter les contacts avec les personnes contaminées et les animaux sauvages, cuire les produits d'origine animale avant consommation...)

Jadis, lorsqu'un malade était identifié il s'agissait tout premièrement de le soigner. Les techniques médicales étaient mal connues, les soins étaient donc souvent inadaptés à la maladie, certains contribuaient même à affaiblir le patient (la saignée par exemple), ne faisant qu'aggraver la maladie et l'état général du malade. Les moyens de protection des médecins traitant les malades étaient moindres c'est pourquoi lors des grandes épidémies, ce furent eux les plus vulnérables car il étaient quotidiennement exposés à la maladie. Avec le temps, le danger de transmission de la maladie est devenu plus évident, et peu à peu des mesures ont été prises pour à la fois écarter le malade des personnes saines et protéger ces dernières en recommandant à tous des mesures de prévention, des gestes quotidiens amenuisant les risques de contracter la maladie (se laver les mains fréquemment, s'assurer que l'eau de consommation soit potable (et la faire bouillir), maintenir une certaine hygiène dans les espaces de vie, etc.) La decouverte de la vaccination a révolutionné les moyens de prévention. Les premiers vaccins ont été créés avec la variole. Il s'agissait de prélever du pus d'une pustule à maturité et de l'inoculer à la personne que l'on veut immuniser contre la variole. Il s'est avéré plus tard que cette technique d'injecter une petite quantité d'agent contaminateur à un individu et ainsi de l'immuniser contre la maladie fonctionnait avec nombre d'autres maladies (Études expérimentales de Louis Pasteur au XIX^ème siècle).

Ainsi aujourd'hui même si les méthodes de soin sont particulièrement performantes, nous privilégions la prévention : agir en amont de la contamination par la maladie. Vaccins obligatoires, dépistages des maladies, hygiène, campagnes d'information, etc. sont aujourd'hui les principales mesures mises en place pour prévenir la transmission des maladies.